耶鲁ZUI重要的管理特色是“教授治校”,这一特色对美国高等教育产生了巨大影响。
建校初期,经过3代校长的努力,耶鲁逐渐形成了董事会不具体参与校务管理、而由教授会治校的法规。在当时的美国流传着这样一句话:“普林斯顿董事掌权、哈佛校长当家、耶鲁教授做主”。
耶鲁大学一直为能够坚持独立精神,不向外来的政治压力、物质利诱妥协而自豪——18世纪中叶,托马斯·克莱普任院长期间,坚持耶鲁是私立学校,并十分强调大学的独立。为此,他采取一切可能的方式对地方政府的干涉进行抵制,直至诉诸法律。至20世纪60年代越战期间,美国政府下令:凡是自称以道德或宗教理由反战的学生一律不准得到奖学金的资助。当时美国诸多名校全都遵照政府的指示行事。唯独耶鲁坚守学术独立的一贯作风,仍继续以申请者的成绩为考虑奖学金的唯一原则,完全漠视政府的规定。结果,耶鲁因此失去了来自联邦政府的一大笔基金,经济上几度陷入困境,但其信念依然不变。现任校长理查德·莱文亦曾因捐款人对耶鲁所设课程及其教授聘任提出附加要求,而毫不犹豫地拒绝了2000万美元的捐赠。
即使在前任总统布什被邀请回母校接受一个荣誉法律博士学位时,耶鲁的教授与学生也公开表示了自己的反对意见:那是2001年5月21日,传统的毕业日当天,当校长宣布授予布什荣誉法律博士学位时,学生们报以笑声、嘘声和哨声,一些应届毕业生还打出一条大横幅写道:“我们赢得了自己的学位,不要使我们的学位跌价”,他们还手持标语牌谴责布什政府在环境、死刑以及堕胎等问题上的政策。更有大约200名教授集体签字拒绝出席毕业典礼,认为无论是布什还是校方这样做纯粹是为了沽名钓誉,因为按照布什当年在学校时候的表现和成绩,他根本没有资格接受那样一个荣誉称号。